Những vấn đề, thách thức mà Ban quản lý VQG đang quan tâm:

• Áp lực của cộng đồng nghèo sống trong xung quanh vườn quốc gia Tràm Chim và sự phụ thuộc của cộng đồng, nhất là người nghèo lên tài nguyên thiên nhiên đất ngập nước bên trong. Chế độ bảo vệ nghiêm ngặt trong nhiều năm qua đã dẫn tới xung đột gay gắt giữa vườn quốc gia và cộng đồng và cũng đã không ngăn cản được sự xâm nhập vào bên trong để khai thác tài nguyên, dẫn đến sự suy kiệt tài nguyên (cá, củi, cỏ).
• Vấn đề quản lý thủy văn cho phù hợp với nhu cầu của hệ sinh thái đất ngập nước, trong bối cảnh chế độ thủy văn toàn vùng Đồng Tháp Mười đã thay đổi do sự phát triển hệ thống kênh đào rộng khắp. Từ việc quản lý thủy văn chưa phù hợp đã làm thu hẹp diện tích đồng cỏ năng, nhất là năng kim (Eleocharis atropurpurea) làm cho không còn nguồn thức ăn cho chim sếu dẫn đến mật độ cá thể của loài chim nầy bị giảm theo hàng năm.

• Vấn đề phát triển du lịch sinh thái, sao cho vừa mang lại lợi ích cho cộng đồng, đóng góp cho bảo tồn mà không gây tác hại lên hệ sinh thái.
• Sự xâm lấn của các loài ngoại lai xâm hại. Hiện nay vườn quốc gia Tràm Chim đang bị đe dọa nghiêm trọng bởi sự xâm lấn của cây mai dương (Mimosa pigra), một loài thực vật được IUCN xếp trong 100 loài ngoại lai xâm hại nguy hiểm nhất thế giới. Nếu không kiểm soát được, trong vòng 10-15 năm nữa, toàn bộ vườn quốc gia sẽ bị loài này xâm lấn thành loài độc tôn. Sự đa dạng sinh học sẽ mất đi hoàn toàn.